J'ai travaillé 3 ans sur la création d'une nouvelle méthode pour décrire des protéines à l'aide de Tige élastique.
Cette thèse a été réalisé à Sorbonne université au Laboratoire Jean Perrin et supervisé par : Jean Cognet, Sébastien Neukirch et Raphaël Candelier.
Vous pouvez retrouver mon manuscript de thèse sur HAL, ainsi que le code associé sur ce git.
Afin de mieux comprendre les intéractions des biomolécules, les chercheurs et chercheuses ont voulut les réprésenter. Une représentation classique est de représenter les atomes par une sphère et les liaisons par des batonnets comme la figure à droite.
Les représentations boules-batonnet donne néanmoins trop de détail quand on veut regarder une grande molécule. Une façon de synthétiser l'information de la structure est de représenter le squelette par un ruban.
Ma thèse portait sur la création d'une nouvelle méthode de type ruban. Cette méthode décrit les protéines à partir de Tige élastique.
Une tige élastique est un objet mécanique dont les dimensions transverses sont petites par rapport à la dimension longitudinale. La tige peut être déformée sous l’effet d’une force extérieure, mais elle reprend sa forme initiale une fois la force retirée. Les tiges élastiques ont des trajectoires qui minimisent la courbure.
Bien que cette méthode ait été initialement développée pour la description des protéines, elle présente un potentiel d’extension vers d’autres domaines complexes comme l’étude des acides nucléiques, méandres de rivières ou la robotique molle.
